加湿器的水箱是藏污纳垢的地方，如不及时清洗，易孳生细菌。因此，加湿器每周至少清洗1次。水箱每周至少要认真地清洗1到2次。另外，空气中的灰尘进入水箱后，形成一层细菌膜。如清洁不彻底，细菌会随着加湿器的喷雾来到空气中。

多数人把自来水直接倒入加湿器的水箱中，水中的有害成分如氯气、钙、镁等物质也会随喷雾挥发到室内空气中，人的肺长时间吸收这些物质，容易引起呼吸系统疾病。应把水烧开，晾凉后再倒入水箱，这样不仅能把水中的细菌杀死，还能挥发掉氯气。有条件的把纯净水烧开，晾凉后加入，效果最佳。

此外，加湿器带有杀菌功能，通常是因为其含有某些化学物质。在除去空气中的细菌过程中，这些药水会通过加湿器喷射到空气中，容易给人体带来伤害。所以除非是特定的场所例如医院，或是家中有传染病病人，一般家庭不必刻意使用杀菌加湿器。