至于医疗行业，同样如此，一个科室所发生的费用，包含该科室的医护人员的高工资，该科室本月领用的药品成本(事业单位按照药品进销差价来核算，药品完全按照销售价格来做，如果医院药品统一调动价格,则一次性调动库存药品价格，此差异进入药品进销差异，而购买的药品成本则把采购价格和销售价格的差异做到药品进销差异里).在输入到系统的时候,需要按照该药品的瓶,颗来计算，因为病人领用,可能不是一整包，而是一两颗.有些单位领用的时候则按照药品的加权移动平均来核算。
材料包括一次性针同,棉球等，还包括血费等材料。医院的医疗设备非常昂贵，大多是按照提前折旧来计算该科室的折旧费用，包括该科室的电脑，桌子椅子等办公设备。
该科室还需要领用办公用品，医护人员服装的清洗,该病房床单洞巾等费用.此科室的水电可以按照科室人员或者科室床位或者科室人员来分摊(当然，特殊科室,比如检验棵用电很多，则适当调整).为该科室为做的市场策划等费用，直接归集到该科室.包括该科室人员需要的车辆，出差费用,导医费用，辅助医生费用等等。
不可归集的行政费用，则同样按照一定比例，比如该科室床位或者人员或者面积等分摊到科室,来实现全成本核算。
医疗行业的收入分科室来计算，二级明细则为药品收入，诊断收入，护理收入，床位收入，检验收入,血费等各种收入，成本也按照一定的科目设计明细.
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